云芝是最具药用价值的真菌之一，具有清热、解毒、消炎、抗癌、保肝等功效。

云芝属子实体内含有一种抗癌物质。该菌药用，去湿、化痰、疗肺疾。治疗慢性支气管炎、迁延性慢性肝炎等有疗效。云芝可作为肝癌免疫治疗的药物。菌丝体提取的多糖和从发酵液中提取的多糖均具有强烈的抑癌性。对小白鼠肉瘤180和艾氏癌的抑制率分别为80%和100%。

云芝还是一种有多种代谢产物的真菌，有蛋白酶、过氧化酶、淀粉酶、虫漆酶以及革酶等，有其广泛的经济用途。另外，在段木栽培木耳和香菇时常有该菌生长，被视为有害“杂菌”。